Помнится был скрипт который делал примерно то же самое для всех файлов с расширением php. Большинство им пользовалось для вставки iframe. Скрипту скармливались фтп доступы и код который нужно поменять или добавить. Если поковырять этот скрипт и изменить там расширение на .htaccess то думаю у тебя все получится
ТС не всегда есть доступ по фтп, а только шел. Для таких целей я использую отличный скрипт от Dr.Z3r0 Hell Wizard так же много еще что есть интересного...